Против подписавших Выборгское воззвание депутатов Правительство возбудило уголовное преследование. Власть расценила эти действия депутатов как призыв к неповиновению. 16 июля 1906 года было возбуждено уголовное дело, которое рассматривалось в Особом присутствии Санкт-Петербургской судебной палаты. Приговор депутатам мог быть только обвинительным.